La primera está relacionada con la aparición de una Cruz bajo el cielo del Monte de Espinho tras la Batalla del Salado, en el siglo XIV. El entonces prelado de Braga, D. Gonçalo Pereira, atribuye la victoria en aquella batalla a la Santa Cruz, de la que era devoto, así como su hijo, en cuyo estandarte figuraba el símbolo de la Cruz.
Como se dice que esta Cruz apareció en los cielos del Monte de Espinho, al borde de la Serra do Carvalho, el arzobispo y el pueblo de Braga acudieron inmediatamente al lugar y erigieron una Cruz y una pequeña capilla. Bom Jesus guarda uno de los mayores secretos de la historia. Más allá de las leyendas, de los hechos reales y de todo el potencial de este fenómeno natural, la devoción a la Santa Cruz nació de forma espontánea. Allí se dieron los primeros pasos, se sembraron y germinaron ideas, se erigió una cruz y así comenzó un camino devocional que hoy conserva el vigor de antaño.
La segunda trata de la aparición de un cáliz en la época de la restauración de la independencia, en el siglo XVII. Según la cultura popular, un cáliz rodeado de esplendor apareció en el monte Espinho. El pueblo acudió inmediatamente al Bom Jesus en señal de gratitud. El yugo castellano contribuyó a unir al pueblo de Braga bajo la protección del Bom Jesus do Monte, así como a proyectarlo fuera de la región. Muchos atribuyeron el éxito de la independencia de Portugal en 1640 y el fin del dominio filipino a la intervención divina. El arzobispo de Braga, Rodrigo da Cunha, fue uno de los principales opositores a la incorporación de Portugal a España, apoyando a los rebeldes. Por este motivo, las leyendas relacionadas con el Bom Jesus y la independencia portuguesa no resultan sorprendentes. Además, un análisis iconográfico de las escaleras de los cinco sentidos y de las virtudes revela un cáliz, símbolo eucarístico, que pasa desapercibido para la mayoría de los peregrinos y visitantes del complejo, donde la base, el tallo y la parte superior se vislumbran con cierta benevolencia.