La première est liée à l'apparition d'une croix sous le ciel du Monte de Espinho après la bataille de Salado au XIVe siècle. Le prélat de Braga de l'époque, D. Gonçalo Pereira, attribue la victoire de cette bataille à la Sainte Croix, dont il était un fidèle, ainsi qu'à son fils, dont la bannière portait le symbole de la Croix.
Comme cette croix serait apparue dans le ciel du Monte de Espinho, au bord de la Serra do Carvalho, l'archevêque et les habitants de Braga ont immédiatement afflué sur le site et y ont érigé une croix et une petite chapelle. Le Bom Jesus recèle l'un des plus grands secrets de l'histoire. Au-delà des légendes, des faits réels et de tout le potentiel de ce phénomène naturel, la dévotion à la Sainte Croix est née spontanément. Les premiers pas ont été faits, les idées ont été plantées et ont germé, une croix a été érigée et c'est ainsi qu'a commencé un parcours dévotionnel qui conserve aujourd'hui la vigueur d'antan.
La seconde concerne l'apparition d'un calice lors de la restauration de l'indépendance au XVIIe siècle. Selon la culture populaire, un calice entouré de splendeur est apparu sur le mont Espinho. En signe de gratitude, les habitants ont immédiatement afflué vers le Bom Jesus. Le joug castillan a permis d'unir les habitants de Braga sous la protection de Bom Jesus do Monte et de les projeter à l'extérieur de la région. Nombreux sont ceux qui attribuent à l'intervention divine le succès de l'indépendance du Portugal en 1640 et la fin de la domination philippine. L'archevêque de Braga, Rodrigo da Cunha, était l'un des principaux opposants au rattachement du Portugal à l'Espagne et soutenait les rebelles. C'est pourquoi les légendes liées au Bom Jesus et à l'indépendance portugaise ne sont pas surprenantes. De plus, l'analyse iconographique des escaliers des cinq sens et des vertus révèle un calice, symbole eucharistique, qui passe inaperçu pour la plupart des pèlerins et des visiteurs de la station, dont la base, la tige et le sommet sont aperçus avec une certaine bienveillance.