O convento de São Francisco é um edifício anexo à Igreja de São Jerónimo e à Capela de São Frutuoso, esta última classificada como Monumento Nacional desde 1944. Embora fisicamente conexos, porque originalmente integravam o mesmo complexo monástico, conheceram utilizações distintas após a extinção das ordens religiosas em Portugal em 1883-84 e consequente integração dos seus bens na Fazenda Nacional.
A Igreja de São Jerónimo foi afeta ao uso paroquial, enquanto os anexos conventuais foram vendidos a particulares, que os reconverteram em quinta agrícola.
Nas décadas de 30 e 40 do século XX, a capela de São Frutuoso foi redescoberta e objeto de uma importante intervenção de restauro, passando desde então a ser visitada como monumento com interesse arquitetónico.
